一、一个人有23对染色体，同一对染色体同一位置上的一对基因称为等位基因，一个来自父亲，一个来自母亲。如果检测到某个dna位点的等位基因，一个与母亲相同，另一个就应与父亲相同，否则就存在疑问了。dna亲子鉴定会对dna进行位点检测，若位点检测全部相同，则可确定亲子关系。若出现3个及其以上位点不同，则排除亲子关系。
二、在检测过程中，每个样品检测16个位点（其中包括一个性别位点）。相同位点，如D21S11，每个样品都会有两个等位基因的数值。具有生物学亲子关系的两个被检人之间，15个STR位点中，每一个位点的数据都要求至少有一个数值是相同的。而不具有亲子关系的被检人之间，至少有三个位点数值不匹配。 对于肯定的亲权关系，需要计算RCP（relative chance of paternity 相对父权机会）值，如99.999%；而否定的亲权关系，不存在相对父权机会。
鉴定机构除使用先进的鉴定设备外，还会对同一样本检测2次以上，对否定样本检测3次以上，对dna样本留样3个月，使确认的亲权指数可高达99.999%以上，非亲排除率100%。
三、否定亲权关系：3个以上基因座不符合遗传规律
肯定亲权关系：
CPI≥10000时 肯定亲权关系
2000<CPI<10000 时 需要提供母本或是父本或增加检测dna遗传标记（另外加测20位点达到40个位点的检测） 以达到出具鉴定意见的标准，否则无法给出鉴定意见。
注释：CPI-累计父亲指数。
注：一般在排除同卵多胞胎、近亲及外源干扰的前提下
满足：
1 、20个位点都能从亲代中找到来源
2 、累计父权指数≥10000才能支持是亲子关系。
四、非父排除大于0.9999的,反过来说就版是亲权概率大于99.99%。国家司法局发布实施亲权鉴定标准低要求就是这个标准,当出现突变(三个及三个内的等位基因座不符合遗传规律)或累计亲概率小于10000时,亲权概率会低于99.99%的,此时会需要做父母子三联体权的亲子鉴定或增加检测遗传标记(即增加检测到40位点)。
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